教団機構図

└ 教団総会└ 常議員会└ 常任常議員会└ 常設委員会└ 常設専門委員会└ 特設委員会└ 総幹事└ 執行機関└ 自主活動団体└ 隠退教師を支える運動└ 日本基督教団教誨師会└ 日本基督教団会堂共済組合└ 教区事務所所在地

• その他自主活動団体など

全国教会婦人会連合、全国教会幼稚園連絡会、日本キリスト教保育所同盟、日本基督教団会堂共済組合、日本基督教団教誨師会、日本基督教団教師会、日本基督教団信徒会

• 加盟団体

ＷＣＣ（世界教会協議会）、ＮＣＣ（日本キリスト教協議会）、ＣＣＡ（アジアキリスト協議会）、同宗連（「同和問題」に取り組む宗教教団連帯会議）、部キ連（部落問題に取り組むキリスト教連帯会議）、日キ連（日本キリスト教連合会）、日本キリスト教社会事業同盟、宣教協力学校協議会、外キ協（外国人住民基本法の制定を求める全国キリスト教連絡協議会）

• その他関係学校・団体

教団立および認可神学校、キリスト教学校教育同盟、キリスト教保育連盟