自主活動団体とは、日本基督教団宣教委員会が認定する団体で、文字通り自主的に宣教活動をする。但し、教規第41条④にあるように、教団の宣教委員会の活動を側面から助けるために連絡を保ちながら、定められた分野で宣教活動をする。経済・財政的には自立している。
現在、自主活動団体にはその３つの団体がある。
・全国教会婦人会連合
・全国教会幼稚園連絡会
・日本キリスト教保育所同盟
- 全国教会婦人会連合
第15回教団総会（1968年）の教団機構改正により、教団の外郭団体ではなく、教団内自主活動団体として誕生。宣教委員会に連なり、「御言葉によって立つ信仰」と「教会に仕えること」を大切な基本姿勢として、全国的な婦人宣教活動と教会婦人の連帯のための働きを主体的に担っている。
＜組織＞ 教区の婦人組織に基盤をもつ教会婦人の全国組織であり、中央委員会を最高議決機関とし、事務局を置き、活動は全国からの自主献金で運営されている。
＜活動内容＞ ＊教区・地区単位の活動：各教区の自主性に委ねられた活動
＊全国単位の活動：全国的研修会の開催。教区の課題を中央委員会、機関紙『教会婦人』などを通して共有。東日本大震災支援特設委員会を窓口に、引き続き被災教区・教会諸活動を支援。
＊小委員会活動：６つの委員会があり、国際的つながり、にじのいえ信愛荘の維持運営の活動および全国的連帯の課題に取り組む。
- 全国教会幼稚園連絡会
沿革
全国教会幼稚園連絡会（全教幼）は、1971年6月1日から3日まで、軽井沢で行われた教育委員会主催第８回全国教会幼稚園園長会において、その設立について話し合われ、翌1972年に正式に組織化されました。1968年の機構改正によって使命を終えた「幼稚園専門委員会」の働きを継承するものと考えています。第34回総会期中の2007年1月17日に、自主活動団体として認定されました。現在は日本基督教団教会関係幼稚園の研鑽と交流のため、年3回の研修会（下記参照）を開催し、その都度会報を発行しています。
活動
○例年3回の研修会、園長・設置者会（6月）、夏期研修会（8月）、教区連絡会・総会（10月）を開催し、学びを深め、交流を深め、宣教の課題を担い合っています。
○神学校を卒業し、附属幼稚園もしくは関係幼稚園を持つ教会に就任予定の方向けに、オリエンテーションを開く他、理事長や園長の責任を負う教師の働きを支援しています。（新卒者向けのオリエンテーションは今のところ定期的に行っていません。全国に知識と経験のある教師がおりますので、新卒に限らず教師の求めに応じて相談に乗ることができます。ご活用ください。）
- 日本キリスト教保育所同盟
キリスト教主義に基づく保育を行う施設が加盟している団体である。14地区・254園（所）からなる。
2015年度の総会において、「ミッションステートメント（使命の宣言）」が採択され、キ保同の目指す保育が示された。年1回開催している夏季保育大学では、2018年に第60回を迎え、全国から約200名が参加して行われた。
各地区で、保育園の園長・保育士・栄養士・調理師それぞれの研修を実施している他、キ保同本部も年2回の全国理事会、園長研修会、その他新任研修会、中堅保育士研修会、スキルアップ研修会を行い、キリスト教保育を学ぶ機会としている。
事務局は現在、京都地区がその責任を担っているが、本部理事、各地区理事によってキ保同の働きを続けている。
