教団総会または常議員会は、必要ある時、特設委員会を設けることができる（教規第48条）。

現在、次の委員会が設けられている。

• 在日大韓基督教会と日本基督教団との宣教協力委員会

　1984年2月8日、在日大韓基督教会と日本基督教団は宣教協約を締結した。協約に基づき、相互に宣教協力の実をあげるため宣教協力委員会が設置された。

　第３４総会期までは、実務委員会であったが、第３５総会期で、協約に基づいて常議員会のもとに委員会を設置することが承認された。

　委員会の構成員は教団正副議長、書記、宣教委員長、在日韓国朝鮮人連帯特設委員長、総幹事、宣教幹事であり、在日大韓基督教会側もこれに対応する構成員である。

　毎年の宣教協力委員会を企画し、両教会の具体的取り組みを担うのが「実務会」(構成は両教会の総幹事、担当幹事)である。

• 在日韓国朝鮮人連帯特設委員会

　第３５回教団総会の決議に基づき、常議員会の下に在日韓国朝鮮人連帯特設委員会が設置された。

　第３９総会期第１回委員会においては、以下のことを委員会で確認した。

（１）これまでの委員会の方針を踏襲することを確認し、この委員会は常議員会の下にある特設委員会であるので、常議員会の意向を踏まえて活動する。

（２）任務については、在日韓国朝鮮人の人権問題に関わる社会活動を行うこととし、主に「外キ協（外国人住民基本法の制定を求める全国キリスト者連絡協議会）」に関係する集会への委員の派遣、また、在日大韓基督教会付属のRAIK（在日韓国人問題研究所）が関わる集会や全国キリスト教学校人権教育研究協議会主催の人権セミナーに連帯していく。

• 東日本大震災救援対策継続事業委員会

　東日本救援対策本部事業は2017年3月31日をもって終了したが、その後の継続事業を担う委員会として40総会期第1回常議員会で設置された。会堂再建資金貸付返還業務などを扱う。

　本委員会は久世そらち副議長他3名の常議員をもって構成される。

• 伝道資金小委員会

　第39回教団総会にて「教区活動連帯金廃止に関する件」と「伝道資金規則制定に関する件」が決議された。本規則による制度は全教会経常収入総額の0.5%を教区現住陪餐会員数の比率により算出して、全教区に賦課し、その負担金額の5分の4を各個教会の伝道支援金に、5分の1を教区の伝道方策金に充てる。

　本委員会は、常議員2名、教区議長3名、宣教委員長と伝道委員長によって構成され、教区への配分金の決定など具体的な作業を行う。

• 熊本・大分地震被災教会会堂等再建支援委員会

　2016年4月14, 16日に発災した熊本・大分地震によって被災した九州教区の14の教団の教会と宣教協約関係にある1教会の会堂等を再建するために、39総会期第8回常議員会にて設置された。本委員会は、常議員5名をもって構成される。

　2019年3月末にて、募金（1億5, 513万6, 143円）は終了した。

• 2018年諸災害救援対策委員会

　2018年は、大阪北部地震、西日本豪雨、台風21号・24号、北海道胆振東部地震など、相次いで深刻な災害が発生した。当初は総幹事室に「救援対策基金に関する運用規定4条」に基づく「救援対策委員会」を設置して対応していたが、41総会期第2回常議員会（2018年12月27日〜28日）にて特設委員会として設けられた。現在は、岡山県真備市に展開している「まびくら」を中心に支援している。

　支援金については、その都度、申請書の提出を求め、審議の上、執行している。

　今後は、被災地の教職の休暇の仕組みやさらなる災害への準備と研修が課題である。

• 教師養成制度検討委員会

　38総会期に教師養成制度検討会議から答申が出され、39総会期第1回常議員会にて「教師養成制度検討委員会」が設置された。これまで教団は、教師の養成を各神学校に依頼してきた。

　各神学校との窓口は教師委員会の担当であったが、今後は本検討委員会とも協議を始めて、教団の宣教に仕える教師養成のあるべき制度を検討する。

　本委員会は、石橋議長他3名の委員（含教師委員長）と協力委員1名をもって構成される。

• 教団伝道対策検討委員会

　「伝道する教団の建設」の実現のために、40総会期第1回常議員会にて設置された。本委員会は、三役他常議員5名、8教区議長により構成される。

　「祈祷運動」「信徒運動」「献金運動」を基本方策とし、全教区の伝道活動を聞き合い、機構改正や財政検討を実施し、各個教会が力強く全教団的に伝道に取り組めるよう対策を講じている。