「日本基督教団が自らの起こした『同性愛者差別問題』に真摯に向き合い、性的指向を理由とした人権侵害と取り組むことを宣教の課題とする件」が、二日目午後に審議された。
提案は、要約すると次のようなものであった。（1）二〇〇〇年に開催された協議会の内容を記録集として作成・配布する。（2）常議員会及び総会で、協議会・学習会の場を設置する。（3）常議員会は、同性愛者差別問題への取り組みが推進されるように各教区・教会・伝道所に呼びかける。（4）「同性愛者差別事件」について、教団総会議長および常議員会の見解を提示する。
審議は、所謂「伊藤発言」「大住文書」が果たして差別になるのかという点と、「協議会」開催の顛末とその評価について、全く意見が対立した。双方とも、以前の常議員会等で主張して来たことの繰り返しであったが、議論は白熱した。
その中で、一人の議員から「同性愛者を担任教師として迎えることには躊躇する」という意味に取れる発言があった。西田直樹議事運営委員長が発言を議事録から削除することを提案し、小林眞副議長は謝罪を求めた。これには議運の権限を越えるとの反論があり、また、削除することや謝罪で済まそうとすることは、事柄を隠蔽することだとの批判があった。発言の内容と取扱いを巡って議場は紛糾した。
議案そのものは結局三五八中一五七票で少数否決となったが、翌日の審議冒頭、問題の発言をした議員が所属する東北教区の福島純雄議長は、前夜行われた教区臨時常置委員会の経緯と、教区全体の姿勢を反省し学習会を行うなどの対応策を、詳細に報告し謝罪した。
また、山北宣久議長は、この発言の取扱いについては、常議員会で対応することを約束した。