- 宣教委員会（教規第41条）
宣教委員会については、教規第４１条に記されている。
① 宣教委員会は、次の事項をつかさどる。
(１) 宣教の基本方策に関する事項
(２) 宣教の総合活動に関する事項
(３) 教区の宣教関係委員会との協力および連絡
(４) その他宣教に関する重要な事項
② 前項第１号及び第３号の事項の処理のため宣教方策会議を開催する。
③ 宣教方策会議は宣教委員、教区の宣教関係代表者その他宣教委員会において必要と認めた者をもって構成する。
④ 委員会活動を側面から助けるために、自主活動団体を組織することができる。
第４２条には、宣教委員会に属する3つの常設専門委員会が記されている。
(１) 伝道委員会
(２) 教育委員会
(３) 社会委員会
上記以外の取り扱い事項
(１) 宣教委員会の下に、「障がい」を考える小委員会がある。情報の収集、交換、各教区各教会の取り組みに協力する。
(２) 宣教委員会の下に、「牧会者とその家族のための相談室委員会」がある。電話相談を行っている。
(３) 宣教委員長が代表となって、カルト問題連絡会を組織し、問題を共有し、教区に「相談窓口」を設けている。パンフレット「カルトって知ってますか？」（１００円）を利用してほしい。
(４) 在日大韓基督教会との宣教協力を進める。
当委員会は、教団宣教委員会のもとに組織された小委員会で、教団総会期ごとに委員会の設置が検討され、宣教委員会において委員が選任されている。
前身は障害者差別問題小委員会であるが、第37総会期において、高齢者問題をも含め、障害を持つ方々全般の問題に目を向けるために「障がい」を考える小委員会に名称変更した。
あらゆる障害を持つ方々が、生き生きと教会生活を送るために、教会のなすべきことについて取り組んでいきたいという祈りを持っている。当委員会で取り上げられる問題は、ホームページにて全教会に発信したいと願っている。
全国交流会は4年に一度開催することとなり、第7回「障がい」を考える全国交流会は、2020年10月頃に開催する予定である。
- 牧会者とその家族のための相談室委員会
2018年7月、牧会学的な基盤をもとに、牧会者とその家族に対する「魂の配慮と精神的ケアに関する基本的研究ならびに実際的諸問題」に取り組むために、宣教委員会の下に組織された小委員会。
主な設置理由は、牧会者やその家族の自死や精神的な疲労、それに伴う教会の崩壊的状況、その深刻な問題が協議され、精神的ケアの取り組みが急務であることと同時に、その重要性が確認されてきたことによる。委員会組織は、委員会と相談の実務にあたる相談員、さらに相談サポートをする協力委員とで構成。具体的な業務は以下の通り。
①牧会者とその家族のための相談
相談電話番号：03-6228-0016
毎週月曜日 午前10時〜午後4時
（午後0時〜午後1時は休憩）
②交流会の開催
③CMCCおよび専門家との協力
④ 牧会学に根ざした精神的ケアに関する研究
- 教師委員会（第43条）
教師委員会は、教規第４３条によって次のような働きをしている。
１．教師養成機関に関する事項
① 教団立神学校（１校）及び教団認可神学校（５校）と教団との窓口となり、神学教育交付金および神学校日に寄せられた献金を配分し、送付する働きをしている。
② 上記の各神学校を問安し、現状や課題を伺いつつ相互の理解を深めている。
２．教師の養成
① 新任教師オリエンテ－ションを継続して開催している。このオリエンテ－ションは教団の教師としての自覚と教団の宣教の課題を共有するための場づくりとしてその使命を果たしている。
② ＜教師継続教育研修費援助＞
在職２年を経た教職が、伝道牧会に役立つ研修、セミナ－等に参加する場合にその経費の一部を補助している。
③ ＜教師継続教育夏期研修会＞
伝道推進室が主催してきた夏期2泊3日の教師継続教育のための研修会を、2018年より教師委員会が主催となって行っている。
３．教師の人事交流に関する事項
これまでは、「任地を求めている教師」と「教師を求めている教会」のリストを作成し、各教区に提供し、僅かであるが協力してきた。しかし、現在は、総幹事と協議しつつ、教団教師の人事と招聘について、実情の把握、さらには、望ましい人事と招聘の在り方について検討している。
４．教師の戒規に関する事項
教規４３条④および「戒規施行細則」に基づいて、教師委員会は、教団教師の戒規を執行しているが、近年、その趣旨が曲解され、懲罰と受け止められる傾向があり、それによる申し立ても多い。再度、悔い改めとしての戒規の回復に努めている。
- 信仰職制委員会（第44条）
信仰職制委員会は教規第４４条に定められた以下の事項をつかさどっている。（１）本教団の信仰告白に関する事項（２）教憲および教規の解釈に関する事項（３）礼拝、礼典および諸儀式に関する事項（４）信仰および職制ならびに教会的機能に関する事項。
信仰職制委員会の任務の一つは、（２）にあげられている教団、教区、各種委員会等の機関から「諮問」があったとき、それに対して答申を行なうことであるが、これは（１）（３）（４）と連関していることは言うまでもない。この答申は、諮問当該者に通知するほか、各教区にも報告され、教団総会報告書に掲載している。また、これまでの答申をまとめた『教憲教規の解釈に関する先例集』（改訂版、2002年発行）に新しい答申を掲載し、名称も「先例集」から「答申集」に替えた『教憲教規の解釈に関する答申集』を2010年12月に発行した。続けて、2016年10月には、補遺も発行している。
また（３）については、第３１回教団総会において「式文改訂小委員会設置に関する件」が可決され、当委員会の下に第３５総会期まで小委員会が設置され、式文改訂の作業を行った。この作業は現行口語式文の全体の改訂作業であり、『日本基督教団 式文』（試用版）、同（試用版Ⅱ）を出版している。今後は、さらに研究を重ね、正規版の「日本基督教団 式文」の完成を目指していく。
- 教師検定委員会（第45条）
教師検定委員会は、教規第45条および教師検定規則によって次のことに取り組んでいる。
１．教師検定試験は、教憲・教規及び教師検定規則によって、春（主に補教師）、秋（主に正教師）の２回行っている。
２．各教科については、基本的で総括的な理解を問う出題に務めている。
３．試験科目「聖書釈義」は、課題説教のテキストについて問うこととし、「説教・黙想」と共に前もって提出する。また、正教師試験科目の「組織神学」・「神学論文」、補教師試験科目の「牧会学」は論文形式とし、前もって提出するという試験方法をとっている。
４．個人面接を丁寧に行い、また、受験者全員の出会いと教団の教師としての課題を共有するために、「全体会」を行っている。
５．受験に際して、教会・教区・教団（教師検定委員会）は、それぞれの役割を果たすという基本的な姿勢のもとで、教区総会議長及び補教師受験者の所属教会牧師の推薦を重く受け止めている。
６．教憲第９条をめぐる論議をはじめとし、これまで提起された諸課題を受けとめながら、教師検定制度の見直しにつとめてきた。
その結果、従来神学校の大学院修了者は教師検定規則4条（１）、（２）によって受験していたが、学部を経ないで大学院に入学し大学院修了者として受験する人は、2012年春より教師検定規則第4条に（３）が追加され、この（３）により受験することとなった。
７．春季秋季教師検定試験の公告、「教師検定試験受験の手引き」「教師検定試験問題集」等の発行など、試験情報の広報発信につとめるとともに、ことに、神学校を経ない受験者のガイダンスをおこなう。
- 予算決算委員会（第46条）
日本基督教団は、教会本来の教務を行うために執行機関の事務局を置いている。
予算決算委員会は、教務機関である常設委員会の一つであって、教規４６条により、事務局全体の歳入歳出予算・決算、財務をつかさどると規定されている。従って、予算決算委員会は、教規１４７条から１６７条に規定された財産管理を行う責務を負う。財産管理の主たる仕事として、予算を作成し、常議員会と教団総会の議を経て執行し、年度が終わると決算を作成して、同様に常議員会と教団総会に報告し、承認を得る義務を負っている。
執行機関のほか、業務機関として、出版業務を行う出版局および年金業務を行う年金局、そして、部落解放のために部落解放センターがある。出版局の決算は、公認会計士の監査の後、予算決算委員会を経て、教団総会に提出することになっている。（出版局規定第５条②）また、部落解放センターの予算･決算は、予算決算委員会を経て常議員会に提出されることになっている。（日本基督教団部落解放センター規約第１４条）また、
この他に、教区に付属したセンターなどの事業体が７カ所あるが、これらも教団の責任下にあるので、一括した税務処理の報告承認を予算決算委員会で行っている。
なお、諸教区は、宗教法人日本基督教団の教務を遂行しているので（教憲第５条）、教団事務局の責任下にあり、その限りで予算決算委員会も教区の財務に関与せざるをえない。
前総会期の検討を受けて、より良い予算決算の作成に向けて努力している。
海外教会への窓口となり、主として海外への宣教師派遣・海外からの宣教師受け入れの人事、海外教会との伝道協力を担当する。現在、約２０名の宣教師を国外へ派遣、その殆どが日本人教会に仕える(冊子「共に仕えるために」参照)。近年は現地人を対象とした伝道も増え、その働きは広がりを見せつつある。毎年10月には海外宣教の働きのため「世界宣教の日」献金を呼びかけている。一方、日本宣教のために仕える受入れ宣教師数は現在約６５名。半数以上が教育機関を任地とする。本委員会下には６つの小委員会が設置され、業務を細分化して執行している。
1. 台湾協約委員会 −1963年、台湾基督長老教会(PCT)と協約を締結。2年毎の教会協議会開催、青年の短期派遣等を通して両教会の交友を深めている。
2. 韓国協約委員会 −1967年、基督教大韓監理会(KMC)・大韓イエス長老教長老会(PCK:統合)・韓国基督教長老会(PROK)の三教会と協約を締結。
3. スイス協約委員会 −1988年、スイス・プロテスタント協会連盟(SEK)と宣教協約締結。1997年二国間宣教協議会開催、2002年より韓国教会を含め、三国間協議会(スイス・韓国・日本)を数年に1回、各国持ち回りで開催。
4. 国際関係委員会 −上記以外の諸教会との協力を担う。ドイツの連帯宣教会(EMS)、アメリカ諸教会、世界教会協議会（WCC）等へ青年の短期派遣、また、日本で学ぶ留学生を対象とした「エキュメニカル協力奨学金」制度運用を担当する。
5. 宣教師人事委員会 −受入れ宣教師の人事全般を担当。学校や教会と綿密に連絡を取り、現場の要望を汲み取り、海外教会へ宣教師派遣を要請する。2007年の旧CoC(宣教協力学校協議会)解散後は教団関係受入れ宣教師全ての受け皿となっている。
6. 宣教師支援委員会 −受入れ宣教師の支援を担う。新任者へのオリエンテーション、年１度のリトリート(宣教師会議)、通信物発行、現地訪問等を通して、牧会的配慮を持ち、宣教師を支える。
